阴阳并不都是指矛盾相反的一对关系。阴阳有时表示转化，是流动的，有时表示是平行的关系。肝阴和肝阳，是指器官内的阴阳二气，即是指肝的阴精和阳气，我的理解是器与用的关系，而器与用，也用阴和阳来表示。器与用，不是矛盾相反的关系，而是一对并存对等存在的关系。

我是从事工程学教学与科研的高校教师，今年开始一个新方向——人体复杂动力学系统。因此开始接触中医，看了很多老先生写的中医基础的书，发现对器官的阴，阳概念都没有说的太明白。我认为阴阳是一种中国特色的数理模型（还有五行模型和八卦模型等），在人体中是一种应用而已。“阴”变量和“阳”变量在不同场合代表不同的含义，如心阳与心阴，肝阴与肝阳，……但具体含义必须清楚，不能含糊。

很多书中说阳代表器官的功能，阴代表物质。但功能与物质并不是一对属性相反的事物，不在一个层次上，二者不能混为一谈。

以下是我的理解，是否正确，请大家指正。

以肝阴和肝阳为例，从系统和工程学的角度看，肝的性能是由组成肝脏的各种物质（细胞）相互关联所表现出来的特性和能力，是其本身固有的性质，而功能是其外在的表现，或者说是所发挥出来的作用。因此，肝的性能为阴，功能为阳。但人体系统的要素（器官）与人工合成系统的要素不同，是有生命的，所以其中流动的物质（气，血，津，液）也是其组成部分。所以肝的性能也包括肝中流动物质的，功能也包括这些流动物质所发挥的作用。因此，肝器官的功能包括本身发挥的作用和流动物质发挥的作用，肝阳代表肝器官的作用，肝气代表其中气的作用（具有动能和热能）。而肝阴代表肝器官的性能，肝血代表其中流动物质的性能。肝气虚的影响程度低于肝阳虚的程度，肝血虚的影响程度低于肝阴虚的程度。

以上是我从工科角度的理解，请大家多多指正！谢谢！